2003年3月10日经国务院批准设立北海出口加工区,2003年12月通过国家八部委验收,正式封关运作。截止2005年12月底止,已批准进区项目14个,2005年审批项目11个,正式签约项目2个,投资总额近5000万美元。目前综合实绩位居全国第三批十五个出口加工区(片)的第七位,中西部(含东北地区)前三批设立的11个出口加工区的第五位,成为国家批准在中西部地区前三批设立的出口加工区中第一个运行当年进出口额超千万美元的出口加工区。2005年,是北海出口加工区为实现今后的大发展奠定坚实基础的一年,也是北海出口加工区出口零的突破的一年。2005年5月10日,北海出口加工区首批货物顺利出口,这标志北海出口加工区建设取得实质性突破。2005年,北海出口加工区实现进出口额1148万美元,其中,出口505万美元,进口642万美元。
2006年1月,北海出口加工区迎来了开门红。北海出口加工区进出口额为204万美元,其中,出口81万美元,进口123万美元。