这个变化是厦门湾实行港口一体化管理以来一系列变化中的一个缩影。港区间海上驳运业务的开展、“区港联动”——厦门保税物流园区港区的建立、新的检验检疫通关机制的实施……依托港口一体化的先导作用，厦门港迈开了奔向世界强港的步伐。

　　厦门湾港口扼九龙江入海口，是宁波至深圳海岸线上最主要的深水良港之一。在这个湾区内，由于行政区划的原因，港口资源被九龙江分为南北两个部分，北部港口隶属厦门市行政辖区，这就是传统意义上的厦门港，南部港口隶属漳州市行政辖区。

　　一个港口两分而治，令其发展困难重重。中海集装箱运输厦门有限公司2002年曾经开辟一条日本航线，这条航线既要到漳州港组织货源，又要同时挂靠厦门港。公司总经理董大欣说：“两边进出港都要办手续，两个口岸都要交港务港监费，不仅麻烦，而且增加了船东成本，所以我们在漳州只开了1个月、4个航班以后就撤线了。”2005年，原厦门港集装箱年吞吐量达335万标箱，已跃至世界第26大港，然而，由于深水港岸线资源在厦门本岛已基本饱和，要继续做强做大，只有向南发展；而南岸的漳州港尽管当时已经建成万吨级以上泊位7个，一个10万吨级的散杂货泊位也将开工建设，但2005年的集装箱吞吐量仅为13.5万标箱，与其92万标箱的生产能力极不相称。

　　厦门港要做强做大，港口整合是必然的选择。2006年1月1日，根据省政府第44次常务会议精神，厦门湾内原漳州港招银、后石、石码3个港区与原厦门港东渡、海沧、嵩屿、客运、刘五店等5港区合并组成新厦门港，成立厦门港口管理局，作为全厦门湾港口、航道和水路运输实施行政管理的交通主管部门。

　　这拉开了厦门港统筹协调促腾飞的序幕。

　　整合后，全港深水岸线增加14公里，总长达到40公里，水陆域范围也由300多平方公里扩大到500多平方公里，可容纳万吨以上深水泊位114个。机构合并、人员理顺、资源整合并实行新的管理体制，全港从2006年1月1日起施行进出港和离靠泊船舶统一调度、引航，统一了全港八大港区统计口径，全港危险货物管理统一实行网上申报审批……在港政管理、规划建设、引航主体、生产统计、航道执法、水运管理等六个方面做到了统一。

　　港口实现一体化管理后，厦门湾南北两岸港口实现了“资源共享，优势互补”。南岸港区则借助“厦门港”品牌迅速发展，北岸港区的扩张空间得以打开，引起了国内外贸易商、航运商的广泛关注。

　　合并后，南岸招银港区进出港船舶实现了24小时引航，缩短了船舶待港时间，提高了生产效率；开通1条外贸集装箱航线，新辟内贸集装箱航线11条，使集装箱航线覆盖到全国包括港澳台各大港口和日本等地；上半年招银港区外贸出口累计完成吞吐量73.43万吨，同比增长68.07%；集装箱累计完成吞吐量11.72万标箱，同比增长47.03%。港口环境的不断优化，带动了南岸漳州开发区临港工业的发展，大型工业企业纷纷进驻或增资扩产。2006年漳州开发区新增投资项目69个，合同投资额达到4亿美元。

　　在新的港口管理体制下，厦门港的龙头作用进一步体现，腹地进一步延伸，厦门港迈向国际枢纽港的步伐也更加稳健。2006年，全港货物吞吐量累计完成7792.09万吨，同比增长16.3%；集装箱吞吐量突破400万标箱，达到401.30万标箱，同比增长15.7%,在全国沿海港口继续保持第7位，跻身世界集装箱22强行列。