1、加工贸易合同项下货物，使用《登记手册》的,必须在报关单备案号栏目填报《登记手册》的十二位编号,不得为空。少量低价值辅料，即5000美元以下、78种客供辅料，按规定不使用《登记手册》的，该栏为空，其客供合同号应录入在第三十五项下。
2、凡涉及减免税备案审批的报关单，本栏目为《征免税证明》编号，不得为空; 加工贸易货物转为享受减免税(指《登记手册》的设备转为投资设备等)或需审批备案后办理形式进口的货物，进口报关单的备案号为《征免税证明》等审批证件的编号，出口报关单为《登记手册》编号。出口报关单有《征免税证明》的, 《征免税证明》号应录在备注栏内,审单处无需对其电子数据进行核注。
3、按海关总署通知，为加强对加工贸易货物异地进出口的监管，方便企业合法进出，促进加工贸易的健康发展，海关总署决定自1999年底起在天津海关全关区进行加工贸易计算机管理中期核注及异地报关备案资料计算机互为口岸的传输。凡进出口口岸涉及天津海关所辖口岸的，企业应向合同主管海关保税部门提出异地报关申请，由主管海关办理有关资料传输并核发《登记手册》后，方可到天津海关办理保税货物进出口报关手续。合同发生变更时，企业应在主管海关办理合同变更手续，并由主管海关将变更后的合同资料传输到天津海关后，方可继续到天津海关办理保税货物进出口报关手续。对正在执行尚未核销的经天津口岸报关进出口的加工贸易《登记手册》，企业应向原备案海关保税部门提出异地报关申请，在办理有关备案资料传输手续后，方可继续到天津海关办理保税货物进出口报关手续。目前，除西藏地区外，其它地区均采用数据网络传输办法。
4、如海关签发的加工贸易手册或减免税证明所列货物名称笼统或归类有误的，应做退单或删单处理，同时要求货主到加工贸易手册或减免税证明的签发部门办理更改手续。
5、如海关签发的加工贸易手册中所列货品的审批单价与实际申报单价不符的，应做退单或删单处理，同时要求货主到加工贸易手册签发部门办理更改手续。
四、进口口岸／出口口岸
指货物实际进（出）我国关境口岸海关的名称。 本栏目应根据货物实际进（出）口的口岸海关选择填报《关区代码表》中相应的口岸海关名称及代码。 加工贸易合同项下货物必须在海关核发的《登记手册》（或分册，下同）限定或指定的口岸海关办理报关手续，《登记手册》限定或指定的口岸与货物实际进出境口岸不符的，应向合同备案主管海关办理《登记手册》的变更手续后填报。 进口转关运输货物应填报货物进境地现场海关名称及代码，出口转关运输货物应填报货物出境地现场海关名称及代码。按转关运输方式监管的跨关区深加工结转货物，出口报关单填报转出地现场海关名称及代码，进口报关单填报转入地现场海关名称及代码,该项业务在调入地海关办理手续。其他未实际进出境的货物，填报接受申报的现场海关名称及代码。
五、合同协议号
指进出口货物合同协议的全部字头和号码。凭《登记手册》、《征免税证明》申报的进出口货物，所填合同号必须与上述手册或证明所填合同号完全一致。一般贸易方式进出口必须填写合同号,即应向海关提供的合同。
六、进口日期／出口日期
进口日期指运载所申报货物的运输工具申报进境的日期。本栏目填报的日期必须与相应的运输工具进境日期一致。
出口日期指运载所申报货物的运输工具办结出境手续的日期。本栏目供海关打印报关单证明联用，预录入报关单及EDI报关单均免于填报。 加工贸易结转深加工货物、保税仓库二次报关货物等无实际进出 境的报关单填报办理申报手续的日期。本栏目为6位数，顺序为年、月、日各2位。
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